Acque limpide, fresche, ricche di ossigeno: questa la caratteristica principale del Nera e dei suoi affluenti. La valle del Nera è un angolo di mondo incontaminato. Note dominanti del bacino idrografico sono la limpidezza e la purezza delle acque, la vegetazione lussureggiante, la presenza di alti rilievi e uno straordinario insieme di bellezze naturali: innanzi tutto la Cascata delle Marmore con lo spettacolo delle sue acque precipiti. Quindi la Valnerina stessa, uno dei paesaggi più affascinanti dell'Umbria, con il suo succedersi di gole strette e rocciose, con l'insieme dei suoi borghi medievali, con l'incredibile ricchezza di boschi.
Tutto il corso del fiume è accompagnato da una ricca vegetazione ripariale con predominanza di salici, pioppi e ontani.
Ricca la fauna ittica tra cui la trota mediterranea e il gambero di fiume. Lungo le sponde vivono varie specie di uccelli. Tra questi, oltre al falco pellegrino, è possibile intravedere l'aquila reale, soprattutto nell'area dei rilievi appenninici del Coscerno e dell'Aspra. I rilievi sono popolati da mammiferi come il gatto selvatico e l'istrice.